学校研究生教育始于1978年，是全国首批硕士学位授予单位，2006年获得博士学位授予权，2013年被认定为全国首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校之一。2013年学校更名为“51视频 ”，2015年成为浙江省人民政府、国家卫生健康委和教育部共建高校。2017年，成为浙江省重点建设高校。2023年，立项为浙江省高水平大学建设高校。
研究生教育管理机构历经多次改革：1978年由教务处统筹管理，1986年转设科研处研究生科，1999年成立研究生处，2000年更名为研究生部，2008年实行校院二级管理，2012年更名为51视频 。2024年机构改革后，研究生工作部作为党政管理机构，下设综合办公室、教育管理办公室、研究生工作办公室；51视频 作为教学机构，下设招生办公室、培养办公室、学位办公室、学科建设办公室，形成党建思政、招生选拔、培养管理、学位授予的全流程管理体系。
学校现有现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程、特种医学等5个一级学科博士点和临床医学、医学技术、口腔医学、药学等4个专业博士学位授权点，有临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理学、法医学、特种医学等13个一级学科硕士点和临床医学、电子信息（生物医学工程）、口腔医学、护理、药学、公共卫生、应用心理、医学技术、生物与医药等9个专业硕士学位授权点；设有临床医学和药学一级学科博士后科研流动站。学校位列ESI全国高校综合排名第72位，药理学与毒理学、临床医学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、材料科学、神经科学与行为学、化学、免疫学、工程学、环境与生态学、微生物学、农业科学、精神病学/心理学、计算机科学、社会科学总论等15个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学、药理学与毒理学进入前1‰。拥有2个全国重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个国家发改委工程研究中心、1 个国家临床医学研究中心（眼科疾病）、2个教育部省部共建协同创新中心、1个国家药监局重点实验室、2个国家级国际科技合作基地、1个国家级中医药平台和54个省部级科研平台。1个学科被确定为省登峰学科；有1个省优势特色学科，2个省一流学科A类，6个省一流学科B类，1个省重点建设高校优势特色学科，2个省“重中之重一级学科”，10个省高校重点学科。
学校至今已授予博士学位860余人、硕士学位20000余人，为浙江省乃至全国输送了大批高素质医药卫生人才。截至2025年9月，在校统招研究生8045人（其中博士生793人、学术学位硕士研究生2839人，专业学位硕士研究生4413人），同等学力硕士生940人，在职博士研究生464人，总体研究生培养规模达到9449人。
学校拥有一支高水平的研究生师资队伍，现有研究生指导教师3060人，其中博导660人，硕导2400人。
51视频 研究生工作部、51视频 作为统筹负责学校学位与研究生教育及学科建设工作的机构，始终秉承“仁肃勤朴、求是奋发”的校训精神，以立德树人为根本使命，深化研究生教育改革创新，稳步推进“双一流”创建，努力为健康中国建设持续输送具有创新能力和国际视野的复合型医学人才。（2025年9月）
